Instruksen indeholder en beskrivelse af departementets regnskabsmæssige organisation og tilrettelæggelse af regnskabsopgaverne, herunder oplysninger om ansvars- og kompetencefordeling, samt it-anvendelse og hovedelementerne i departementets interne kontroller i forbindelse med regnskabsaflæggelsen. Regnskabsinstruksen indeholder endvidere de retningslinjer, der skal overholdes af medarbejderen ved udførelse af regnskabsopgaverne.
Bilag til Regnskabsinstruksen indeholder en oversigt over brugerrettigheder, prokura, registreringsramme og disponeringsbemyndiget.